El parque se encuentra en medio de la Cordillera Occidental, por lo cual es una de las zonas mas quebradas del país. Está formado por un conjunto de montañas que separan las aguas de las cuencas del Pacífico de las que fluyen hacia el río Cauca. El parque posee cuatro pisos térmicos en los que sobresale una vegetación higrofítica o higrófila, más densa en el piedemonte del litoral pacífico. El parque consta de 4 ecosistemas: bosque subandino húmedo (entre 200 y 1.200 metros de altitud), bosque andino húmedo (entre 1.200 y 2.000 metros sobre el nivel del mar), bosque altoandino húmedo (entre 2.000 y 3.500 metros de altitud) y páramo (con altitudes superiores a los 3.500 metros).

El Desierto de la Tatacoa, la segunda zona árida más extensa de Colombia después de la península de la Guajira, es uno de los escenarios naturales más atractivos de Colombia que ocupa 330 kilómetros cuadrados de tierra de color ocre y gris con pincelazos del verde de los cactus.

El parque comprende los pisos térmicos correspondientes a los de frío, páramo, superpáramo y nieves perpetuas, por lo cual sus ecosistemas principales son los bosques andinos, páramos y glaciar. Incluye además las cuencas hidrográficas de algunos ríos, como son el río Otún, río Totarito, río Molinos, río Azufrado, río Lagunillas, río Campoalegre y río Guali, entre otros.

El Parque Nacional del Café, es una entidad sin ánimo de lucro destinada a la preservación del patrimonio cultural e histórico del café; en Colombia, a la promoción de actividades culturales, recreativas, ecológicas y al impulso del ecoturismo en la región.

En el Parque se encuentran inmensas rocas metamórficas, resultado de la intensa presión de la tierra que, con el desarrollo de la litosfera, terminaron el piso de un gran lago que probablemente cubría la Sabana de Bogotá. Los sesenta murales están esparcidos irregularmente por todo el parque de Facatativá.